If you don’t mind は 「もし気にしないんだったら」という意味です。ですから、If you don’t mind it being far... は 遠いですが、気にしないんだったら...という意味になります。
例えば 「少し遠くてもよろしければ、いい場所があります」を言いたいなら、 I know a good place, if you don’t mind it being far. とか I know a good place. It’s a little far if you don’t mind. と言うこともできます。
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